يتبع لقسم العلاج الطبيعي عدد من المختبرات الهامة والضرورية لتدريب الطلاب ومساعدتهم بالمساقات العملية داخل التخصص، وتتوفر هذه المختبرات في المستشفى الأردني ومستشفى الوفاء الطبي وغيرها، لحين الانتهاء من تجهيز وإنشاء المختبرات الجديدة للقسم، وتشمل هذه المختبرات ما يلي:
1. مختبرات التشريح البشري.
2. مختبرات الحاسوب متعددة الأغراض (التشريح الافتراضي).
3. مختبرات الوسائل الفيزيائية العلاجية.
4. مختبر التمارين العلاجية.
5. مختبر العلاج المائي.
6. المختبر الكهربائي.
7. مختبر العلاج اليدوي والميكانيكي.