يضم قسم العلوم الطبية المخبرية عدداً من المختبرات العلمية لتدريس الطلبة المساقات العملية وخدمة المجتمع الفلسطيني منها:
1. مختبر الأحياء الدقيقة والطفيليات الطبية.
2. مختبر علم الدم.
3. مختبر الكيمياء الطبية.
4. مختبرات الجامعة للتحاليل الطبية والوراثية.
5. مركز تقصي الأمراض السارية.