تم افتتاح قسم العلوم الطبية المخبرية بالجامعة الإسلامية في العام 1991-1992م، وذلك انطلاقاً من حرص الجامعة على تقديم خدمات مجتمعية من خلال تناول الموضوعات التي تهمه وذلك بتطوير الخبرات السليمة الذكية للعاملين في مجال التحاليل الطبية وتخريج كوادر متخصصة في هذا المجال ولقد بدأ القسم بتسعة طلاب وطالبة واحدة عام 1991م ويدرس الآن في قسم العلوم الطبية المخبرية ما يقارب ثلاثمائة طالب وطالبة.
وقد واكب هذا التطور في عدد الطلبة تطوراً نوعياً حيث تم تزويد مختبرات القسم بأجهزة نوعية كما تم تعيين عدد من الأساتذة ذوي الكفاءة العالية، وحاز القسم على ثقة وزارة الصحة، وأثبت الطلبة خريجو وخريجات القسم تفوق مستوى التحاليل الطبية وذلك أثناء تدربهم في مختبرات الوزارة مما دفع وزارة الصحة إلى توظيف عدد كبير منهم. وعلى مدار الفترة الزمنية السابقة تم إحلال معظم المواقع الهامة في وزارة الصحة بخريجي قسم العلوم الطبية المخبرية من الجامعة الإسلامية وذلك لتميز هؤلاء الخريجين بالمستوى العلمي المتميز والنظرة الثقافية في تحليل الأمور ومتابعة التطورات والاكتشافات في المجالات الطبية.
كما ويعمل خريجي القسم في مجالات متعددة منها على سبيل الذكر: المختبرات الطبية لوزارة الصحة والمختبرات الطبية الخاصة ومختبرات شركات الأدوية والمصانع البيولوجية المختلفة كمصانع الألبان.
ويتم القبول في قسم العوم الطبية المخبرية لطالب كلية العلوم بعد إتمام الفصل الأول وإنهاء مساقات كيمياء عامة أو أحياء عامة أعلى أن يكون الطالب قد حصل على معدل 70% فما فوق في هذه المساقات.
كما يمكن لخريج القسم الالتحاق ببرامج الدراسات العليا حيث يستطيع خريج القسم الالتحاق ببرنامج الماجستير في التحاليل الطبية وفق شروط الالتحاق.